Χάντμπωλ

Το Χάντμπωλ είναι το νεότερο τμήμα του συλλόγου. Προήλθε από τη συνένωση του Κύδωνα με το Περιστέρι Χανίων, το οποίο διατηρούσε την ομάδα των γυναικών στην Α2 Κατηγορία και την ομάδα των ανδρών στην Β' Εθνική. Την προηγούμενη αγωνιστική περίοδο η γυναικεία ομάδα του Κύδωνα κατέλαβε την 2η θέση στην Α2 Εθνική Κατηγορία και η ομάδα των ανδρών την 4η θέση στην Β' Εθνική.

Στο τμήμα υπάρχουν 100 περίπου αθλητές, ενώ έχουν ξεκινήσει και τμήματα στην Ακαδημία εκμάθησης από τους τρεις προπονητές του συλλόγου.